Das Wasserschloss Inzlingen ist das einzige noch in seiner ursprünglichen Anlage erhalten gebliebene Wasserschloss in der Südwestecke Deutschlands. Seine Geschichte ist eng verbundenen mit der der Familie Reich von Reichenstein, ein aus Basel stammendes Herrengeschlecht, dem 1394 das Dorf Inzlingen von Markgraf Rudolf von Hachberg-Rötteln zu Lehen gegeben wurde. Sie blieb im Besitz dieses Lehens bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts.
Ob die Reichensteiner das zuerst in einer Urkunde von 1470 erwähnte „Wasserhus“ zu Inzlingen erbaut haben, ist nicht bekannt, aber wahrscheinlich, da die Reichensteiner zu dieser Zeit Basel verlassen hatten. 1511 wird der Verkauf des Wasserschlosses an einen Verwandten der Familie erwähnt, von dem es dann 1514 der Junker Jakob Reich von Reichenstein erwarb. Die Reichensteiner wohnten im Schloss als Herren von Inzlingen bis zur Auflösung des Inzlinger Lehens 1813.
Das Wasserschloss erhielt seine jetzige Gestalt im Wesentlichen in den Jahren 1562/63, wie dendrochronologische Datenbestimmungen des Rostes aus Eichenstämmen bestätigten, auf denen das Schloss errichtet ist. Der Stich von Merian, 1625 veröffentlicht, gibt eine erste Darstellung des Schlosses. In der Mitte des 18. Jahrhunderts wurde das Schloss im Innen- und Außenbereich im Rokokostil umgestaltet. Von dieser Ausstattung sind in einigen Räumen vor allem noch die Stuckdecken und Supraporten erhalten..
Die in den Jahren darauf völlig verarmten Reichensteiner verkauften 1819 das Wasserschloss an die Basler Fabrikantenfamilie Kern - de Crousaz, die darin eine Seidenband-Weberei errichteten. 1875 erwarb das Anwesen die aus der Schweiz stammende Familie Saner, die es mit einem landwirtschaftlichen Betrieb verband. In der Folgezeit wohnten im Schloss zudem Pensionsgäste und Familien zur Miete, in den Jahren 1938 bis 1948 die Berliner Malerin Gertrud Bock und mit den Flüchtlingen nach dem letzten Krieg der leider früh verstorbene Maler Rolf Samuel.
1969 erwarb die Gemeinde Inzlingen das Wasserschloss mit dem umliegenden Landbesitz und begann mit der Restaurierung des unter der Nutzung der vergangenen Jahrzehnte stark gelittenen Gebäudes. Durch Einbau eines neuen Treppenhauses, stilgerechten Umbau der Räume zu Tagungs- und Büroräumen und für einen Gastronomiebetrieb sowie Ausbau des Dachgeschosses zu einem Bürgersaal ist das Schloss als Sitz der Gemeindeverwaltung und durch Einrichtung des renommierten Schlossrestaurants nun für die Öffentlichkeit weitgehend zugänglich geworden.